A Collegium egy személyben felelős vezetője az igazgató, akit a Kuratórium egyetértésével az ELTE rektora nevez ki. Az igazgató gyakorolja a kinevezési jogköröket, a munkáltatói jogokat, felügyeli a műhelyek munkáját és képviseli a Collegiumot.

A Kuratórium az igazgató mellé rendelt szerv, mely bizonyos ügyekben (tanulmányi ügyek, tanári kinevezések) döntéseket hoz és egyetértési jogot gyakorol, illetve fellebviteli fórumként működik. A Kuratórium kilenc tagját a Collegium tanárai, hallgatói és a volt collegistákból álló Baráti Kör delegálja egyenlő arányban.

A hallgatók önkormányzati szerve a Választmány, melynek tagjait a Collegium diáksága választja titkos szavazással. A Választmány a diákság képviseletén túl gyakorolja a Szervezeti és Működési Szabályzatban a hallgatók képviselői számára biztosított jogokat (véleményezési jogok, fegyelmi eljárásban való részvétel, stb.), és egyik szervezője a Collegium diákéletének.

A Collegiumon belül a tanulmányi munka elsősorban a műhelyekben folyik, melyek a Collegium egészére vonatkozó célkitűzések figyelembevételével, az egyetemi szaktanszékekkel egyeztetve, maguk jelölik ki működésük kereteit. A műhelyeket az igazgató felé a műhelyvezető képviseli.

Tanulmányi kérdésekben jelentős szerepe van a tanári értekezletnek, mely elvi döntéseket hozhat.